Für die Menschen, ob Sky People oder Grounder, heißt es nun gemeinsam einen Weg zu finden um zu überleben.

Nachdem A.L.I.E. besiegt und keine Nightbloods mehr leben, die als Commander in Frage kommen, übernimmt die Azgeda unter König Roan die Macht in Polis. Nachdem Clarke ihm vom kommenden Praimfaya berichtet und ihm als Vertrauensbeweis die Flamme überreicht, erklärt Roan sich bereit den Frieden zu wahren bis ein neuer Commander emporsteigt, während die Sky People einen Weg suchen der Todeswelle zu entgehen. Während Kane und Octavia in Polis bleiben um den König auf dem Thron zu halten, kehrt Clarke nach Arkadia zurück.

Dort angekommen beschließt sie mit Raven die Alpha-Station so umzubauen, dass sie sie gegen die Strahlung abschirmt. Doch dies führt zu einem neuen Problem, da dort nur 100 Menschen Platz finden, weshalb Clarke eine Liste mit Namen derjenigen erstellt, die Praimfaya im Schiff überleben werden. *Kurze Zeit später trifft Luna in Arkadia ein und bittet die Sky People um Hilfe da sie von Primefaya und der Todeswelle gehört hat. (Für das Forum abgeändert, während Luna in Arkadia ist, ist Lexa bei der Floukru eingetroffen um bittet nach Schutz) Um einen Weg zu finden alle Menschen zu Nightbloods und somit resistent gegen die Strahlung zu machen, machen sich Abby, Raven, Murphy, Emori und Luna zu dem Labor von Becca auf.

In Arkadia bekommen Jasper und Monty Clarkes Liste in die Finger und veröffentlichen diese, was zu Unruhen unter den Bewohnern führt. Jaha kann diese jedoch beschwichtigen, indem er die Liste als ungültig erklärt und vorschlägt die Plätze am Ende der Reparaturen zu verlosen. Doch nachdem Roan erfahren hat, dass sich die Sky People ein Hintertürchen geschaffen haben, um nur ihre Leute zu retten, erklärt er den Skaikru und den Trikru den Krieg, nimmt Bellamy und Kane gefangen und marschiert mit seiner Armee auf Arkadia zu. Vorher gibt er Echo den Auftrag Octavia gefangen zu nehmen, doch da diese sich nicht lebend gefangen nehmen lassen will, verwundet Echo sie in einem Kampf schwer und sie stürzt von einer Klippe in einen Fluss. Die Verletzte wird jedoch von dem Grounder Ilian gefunden und nach Arkadia gebracht und kann diese somit vor dem bevorstehenden Angriff warnen. Die Sky People stellen den Azgeda nun eine Falle und nach kurzen Verhandlungen handeln Clarke und Roan aus, dass die beiden Clans sich das Schiff teilen werden. Doch als sie zurückkehren, hat Ilian, der, seitdem er unter A.L.I.E.s Einfluss seine ganze Familie tötete, jede Art von Technologie hasst, die Station nahezu vollständig zerstört.

Da nun nur noch die Nachtblut-Lösung bleibt begeben sich Clarke und Roan zu den anderen auf die Insel mit dem Labor. Dort konnten Abby und Jackson mit Hilfe von Lunas Knochenmark einen Weg finden jemanden schwarzes Blut zu geben. Doch um zu testen ob es auch funktioniert müssten sie eine Person tödlicher Strahlung aussetzen. Nachdem die erste Testperson, die durch eine Lüge von Emori ausgewählt wurde, qualvoll stirbt, planen sie die nächsten Versuch an Emori zu machen, doch nachdem John Clarke anfleht sie zu verschonen, spritzt diese sich die Substanz selbst. Abby, die nicht zulassen will, dass ihre Tochter stirbt, zerstört daraufhin die Röhre in der die Strahlungs-Tests durchgeführt werden.

Währenddessen hat Jaha die Suche nach einem Bunker zum Überleben noch nicht aufgegeben. Nachdem der 1. Bunker einer früheren Sekte sich als Fehlschlag erwies, findet er schließlich den Bunker der zweiten Dämmerung in Polis, die auch als die Krypta des Commanders bekannt ist. In diesem finden bis zu 1200 Menschen Platz, doch können sich die Clans nicht friedlich einigen, weshalb es nun Krieg geben wird. Clarke möchte dies verhindern, indem sie sich von der Flammenbewahrerin Gaia, Indras Tochter die mittlerweile Roan die Flamme gestohlen hat, zum neuen Commander ernennen lässt. Doch Roan unterbricht die Zeremonie und lässt Abby allen Anwesenden erklären, dass ihre Tochter kein geborenes Nightblood ist. Die aufgebrachten Clans entscheiden nun in einem letzten Konklave, in dem pro Clan ein Kämpfer teilnimmt, zu entscheiden wer den Bunker nutzen darf.

An dem Konklave nehmen unter anderen Fio (Trikru), Roan (Azgeda), Ilian (Trishanakru) sowie Octavia (Skaikru) teil. Zu Überraschung aller schließt sich auch Luna dem Kampf an, da sie der Meinung ist die Menschheit verdiene es nicht zu überleben. Am Ende sind nur noch Luna, Roan und Octavia am Leben. Die Letztgenannten verbünden sich im Kampf gegen Luna, doch als sie sie gerade niederstrecken wollen fällt schwarzer Regen vom Himmel, der Octavia zur Flucht zwingt und Roan stark schwächt. Luna, die immun gegen die Strahlung ist, verletzt den König daraufhin schwer und ertränkt ihn. Letztendlich kann Octavia sie jedoch töten und entscheidet somit als Siegerin des Konklaves, dass alle Clans sich den Bunker teilen sollen.

Doch als sie zur Bunkertür gehen müssen sie feststellen, dass Clarke und Jaha nicht auf das Ergebnis des Konklaves gewartet haben und sich mit den gesamten Skaikru im Bunker verbarrikadiert haben. Bellamy gelingt es jedoch mit Abbys Hilfe die Tür zu öffnen und die anderen Clans herein zulassen. Nun müssen die Skaikru von ihren 400 Leuten 300 wieder nach draußen schicken, weshalb es fast zu einem Aufstand, angestachelt durch Jaha, kommt, aber Kane kann ihn überzeugen, die Sache abzubrechen und ihre Leute bis zum Ende der Auswahl zu betäuben. Letztendlich werden, bis auf die Kinder und die fest gesetzte Kerngruppe, die Namen von Clarkes Liste wieder aufgenommen.

Clarke, Bellamy, Murphy und Emori machen sich auf den Weg um Raven noch vor Praimfaya von der Insel abzuholen und zum Bunker zu bringen. Auf dem Weg dorthin stoßen auch noch Monty, Harper und Echo zu ihnen und es zeichnet sich ab, dass sie es nicht mehr rechtzeitig zum Bunker schaffen, weshalb sie beschließen mit Hilfe einer Rakete zum Go-Sci Ring zu fliegen und dort die 5 Jahre in denen die Erde verstrahlt ist auszusitzen. Allerdings muss Clarke auf der Erde zurückbleiben, da sie beim Ausrichten einer, für das Andocken an die Station notwendigen, Satellitenschüssel das Zeitlimit nicht einhalten kann und somit nur noch mit ansehen kann wie ihre Freunde die Atmosphäre verlassen, bevor die Todeswelle dann über sie hereinbricht.w

Es erfolgt ein Zeitsprung von 6 Jahren und 7 Tagen. Clarke hat aufgrund ihres Nachtblutes überlebt und lebt zusammen mit dem Nightblood Mädchen Madi auf "dem einzigen grünen Fleck Erde weit und breit". Sie sendet seit Jahren Funksprüche ins All ohne je eine Antwort zu erhalten. Obwohl die Erde nun seit über einem Jahr wieder bewohnbar ist, sind Bellamy und seine Gruppe nicht zurückgekehrt und auch Octavia und die Bunker-Gruppe sind nicht wieder aufgetaucht. Clarke möchte gerade ihren Funkspruch beenden, als ein Raumschiff auf die Erde zufliegt. Aufgrund der Aufschrift kann sie erkennen, dass es sich um ein Gefangenentransporter der Eligius Corporation handelt, woraufhin sie Madi aufträgt all ihre Waffen zu laden und sich zu verstecken. Gleichzeitig hat Octavia und die Wonkru einen Weg aus dem Bunker gefunden und alle kommen in Polis wieder auf die Oberfläche. Doch alles was sie sehen ist zerstört und so machen sie sich auf den Weg ein grünes Stück Erde zu suchen. Ob sie Shallow Valley finden werden? Bellamy und die anderen sind mit der Kapsel in der Nähe von Shallow Valley vor wenigen Stunden angekommen. Auch sie haben bemerckt das ein Transportschiff in der Umgebung gelandet ist. Was werden sie tun? Lexa und die Fayakru haben ebenfalls den Transporter in die Erdatmosphäre eindringen sehen, sie macht sich mit ihrer Gruppe auf um dem ganzen auf die Spur zu gehen.