John Murphy wurde 2132 auf der Ark geboren. Er lebte dort mit seinem Vater Alex Murphy und unbenannten Mutter. Als Murphy als Kind krankt wurde, stahl sein Vater Medizin und wurde erwischt. Seine Hinrichtung, durch Floaten, erfolgte durch Kanzler Jaha. Nach dem Tod seines Vaters, verfiel seine Mutter dem Alkohol. Ihre letzten Worte waren, das er seinen Vater getötet hat. Kurze Zeit später setzte Murphy das Quartier des Offiziers in Brand, der seinen Vater verhaftet hatte.

Da Murphy zu diesem Zeitpunkt noch Minderjährig war, wurde er für die Brandstiftung nur in die Sky Box eingesperrt. Vor der Reise zur Erde nimmt Murphy mit anderen Jugendlichen am Überlebenskurs bei Charles Pike teil. Während des Unterrichts provoziert er Pike immer wieder, bis es zu einem Kampf zwischen ihnen kommt.

Murphy macht sich nach der Landung schnell einen Ruf als Unruhestifter und Rebell der Gruppe. Er sammelt weitere Jugendliche um sich, lässt die Vital-Armbänder abnehmen, um die Ark zu täuschen und die Erwachsenen daran zu hindern ihnen auf die Erde zu folgen. Nach kleinen, harmloseren Streitereien wird er unschuldig eines Mordes verdächtigt, fast hingerichtet und aus dem Camp verbannt. Sich keiner Gruppe zugehörig fühlend, schließt sich Murphy Thelonious

Jahas Expeditionsgruppe an, um nach der Stadt des Lichts zu suchen. Ihr Ziel bestand jedoch nicht aus einem physischer Ort, sondern eine Künstliche Intelligenz die John, zusammen mit Jaha, für die folgenden drei Monate in einen Bunker einsperrt.

Während der Zeit im Bunker sah Murphy diverse Videos, aus der Zeit vor dem nuklearen Krieg und wie es zu dieser Katastrophe kam. So wusste er, nach seiner Freilassung, als er von Jahas Plänen mit der K.I. erfährt, wer und was A.L.I.E. ist. Murphy will nichts mit A.L.I.E., Jaha oder ihrem Chip, der "Schlüssel" zu einem "Leben ohne Schmerz, Hass oder Neid", zu tun haben und schlägt sich mit einer Grounderin die er auf seiner Reise traf, durch die Wildnis. Nach mehreren Überfällen auf Grounder wird Murphy von Wachen nach Polis gebracht wo er, nach dem Auffinden des Chips, gefoltert und danach befragt wird. Murphy teilt sein Wissen mit Titus, der ihm seine Geschichten zwar nicht glaubt, ihm aber hilft, Licht in die Vergangenheit der Erde und Ark zu bringen. Murphy kann sich aus der Gefangenschaft zwar befreien, in Polis findet jedoch zeitgleich ein Machtwechsel statt und er gerät zwischen die Fronten. Um zu überleben lässt er sich auf die neue Herrscherin ein und mimt ihren Flamekeeper, um die Maskeraden aufrecht zu erhalten, sie hätte das Ritual beendet welches zum Aufstieg als Commander essenziell ist.

An Ontaris Seite trifft er wieder auf Emori und später auf Jaha, der mit A.L.I.E. im Gepäck, die Chips auch an die Grounder verteilen möchte. Zu spät wird ihm klar das Emori längst ein Teil von A.L.I.Es Anhängern geworden ist und Jaha weiß, das Ontari kein rechtmäßiger Commander ist. Dieses Wissen setzt er gegen ihn ein um Murphy wegsperren zu lassen und Ontari besser manipulieren zu können. Im Gefängnis mobilisiert er seine Mitgefangenen, ob Skaikru oder Grounder, sich zusammen zu schließen und den Kampf gegen A.L.I.E. und ihren Kult zu gewinnen. Beim finalen Schlag gegen A.L.I.E., als Clarke die Stadt des Lichts betritt, hält er Ontaris Körper mittels Herzmassage am Leben, damit Clarke Ontaris Nightblood erhält und das Tragen der Flamme überlebt.

Nach erneuter Zeit mit Emori in der Wildnis, als er davon erfährt das der Erde eine zweite nukleare Apokalypse bevorsteht, sucht er wieder Kontakt zu den Bewohnern der Skaikru Siedlung. Er will sich mit seiner Freundin als nützlich erweisen und führt einen Trupp um Dr. Abigail Griffin zu der Insel, auf der er von Jaha und A.L.I.E. in den Bunker gesperrt wurde. Auf der Insel finden sie das Labor der Wissenschaftlerin Becca Franco, welche neben der Flamme und A.L.I.E. auch das Nightblood erschuf. Bei Experimenten wollen Abby und Clarke synthetisches Nightblood erschaffen und so die Menschen vor der Strahlung schützen. Nach einem tragischen Unfall verwerfen sie diese Idee und Teile der Gruppe machen sich auf den Rückweg. Aus Angst, im Bunker der Zweiten Dämmerung sei für ihn und Emori kein Platz, entscheiden sich die Beiden wieder mit zurück auf die Insel zu fahren, als eine Gruppe Raven aus dem Labor abholen wollen. Die Gruppe schafft es allerdings nicht rechtzeitig zurück zum Bunker und muss, mit einer Rakete aus dem Labor, auf dem Go-Sci Ring, den zurückgelassenen Trümmern der Ark, landen.

Die nächsten sechs Jahre verbringt er gemeinsam mit der Spacekru, bestehend aus Bellamy, Raven, Monty, Harper, Emori und Echo. Er ist frustriert darüber, dass er sich "nutzlos" fühlt, wie er es bereits in Arkadia getan hat, und isoliert sich von der Gruppe. Er ist der Erste der die Eligius IV und ihr Transportschiff sieht und drängt darauf endlich zurück auf die Erde zu können.

Im Jahr 2132 auf der Ark geboren, wurde sein Leben schon früh aus den Angeln gerissen. In seiner Kindheit wurde John schwer krank und sein Vater sah sich gezwungen, Medizin zu stehlen und so das Leben seines Sohnes zu retten. Er wurde erwischt und gemäß der Gesetze der Ark, wurde er auf Geheiß des damals amtierenden Kanzlers Jaha gefloatet. Ein harter Schlag für die Familie, den vor allem seine Mutter nicht verkraftete. Sie griff immer öfter zu Alkohol und im Suff machte sie ihren eigenen Sohn dafür verantwortlich, was ihrem Ehemann zugestoßen war. Der Alkohol zeigte seine volle Wirkung und es dauerte nicht lange, bis sie daran zugrunde ging. Ihre letzten Worte an ihn würden ihm wohl auf ewig im Gedächtnis bleiben..."Du hast deinen Vater getötet"
Hatte es Murphy seit der Hinrichtung seines Vaters schon alles andere als leicht gehabt, riss ihm der Tod der Mutter nun komplett den Boden unter den Füßen weg und er begann zu rebellieren und sich gegen alles und jeden aufzulehnen. Lediglich seine Minderjährigkeit verhinderte, dass ihn das gleiche Schicksal wie seinen Vater ereilte, als er das Quartier desjenigen Offiziers in Brand setzte, der Alex Murphy verhaftet hatte. Prägende Jahre, die ihn zu dem aggressiven, gewaltbereiten und impulsiven jungen Mann machten, der zusammen mit 99 anderen Jugendlichen im Jahr 2149 in der Sky Box zur Erde geschickt wurden.

Auf der Erde änderte John nichts an seinem Verhalten. Im Gegenteil. Jetzt, in der vermeintlichen Freiheit, gab es keine Regeln, keine Vorschriften, keine Gesetze. Sie konnten tun und lassen, was sie wollten. Er machte seinem Ruf als Rebell und Unruhestifter alle Ehre und fing wegen jeder Kleinigkeit einen Streit an, der nicht selten in einer Prügelei endete, ob mit nackten Fäusten oder anderen Waffen. Er ließ sich von jedem falschen Blick oder Wort provozieren und seine Reaktionen fielen meistens komplett unverhältnismäßig und aggressiv aus. Vor allem die 'Privilegierten' unter ihnen, waren ihm ein Dorn im Auge und er machte keinen Hehl daraus, was er von ihnen hielt und, dass er keine Befehle von ihnen annahm. Auf Clarke Griffin und Wells Jaha hatte er es besonders abgesehen und provozierte sie zu jeder sich bietenden Gelegenheit. Vor allem der Idealismus und Gerechtigkeitssinn der Prinzessin, wie er Clarke immer abschätzig nannte, gingen ihm gewaltig auf die Nerven. Murphy hatte keinerlei Interesse daran, dass ihnen die Erwachsenen folgten und war einer der ersten, der sich sein Vital-Armband entfernen ließ und somit für die Ark als tot galt. Etwas besseres konnten ihnen allen seiner Meinung nach nicht passieren.
Sein egoistisches, abwertendes und herausforderndes Verhalten sorgte irgendwann dafür, dass die anderen ihn für so abgebrüht und gewaltbereit hielten, sodass sie ihm zutrauten, einen Mord begehen zu können. Niemand stellte sich auf seine Seite, als es darum ging, ihn für schuldig zu bekunden, ihn beinahe hinzurichten und aus dem Camp zu verbannen. Sich von allen verraten und hintergangen gefühlt, schloss er sich schließlich Jahar an, der zwischenzeitlich mit den übrigen Bewohnern der Ark auf der Erde gelandet waren, um mit ihm nach der sogenannten Stadt des Lichts zu suchen. Auf dieser Reise traf er auch das erste Mal auf Emori, eine Diebin und Betrügerin, die wegen ihrer verstümmelten Hand von ihrem Stamm verbannt worden war.

Die Suche endete für den Braunhaarigen in einem Bunker, in dem er von der künstlichen Intelligenz A.L.I.E. gesperrt wurde. In den folgenden 3 Monaten erfuhr er die Wahrheit über die nukleare Katastrophe, die damals fast die gesamte Menschheit ausgerottet hätte und vor allem, wer dafür verantwortlich war. Als ihm dann Jaha die Pläne eröffnet, wandte er sich sofort von dem ehemaligen Kanzler ab und verschwand gemeinsam mit Emori von der Insel. Er hielt das alles für Hirngespinste und Jaha für geistesgestört und nicht mehr ganz dicht.
Dann wurde Murphy von einer Gruppe Grounder gefangen genommen und nach Polis geschleppt, wo er aufgrund des Chips, den er noch immer bei sich trug, ein gefragter Gefangener war. Nach Folter und zahlreicher Befragungen, fand er in Titus, dem Flamekeeper von Lexa, einen Verbündeten. John konnte sich zwar aus der Gefangenschaft befreien, geriet aber zwischen die Fronten, als Lexa starb und sich ein Wechsel im Machtgefüge anbahnte. Da er schon immer ein Talent dafür hatte, sich ändernden Gegebenheiten schnell anzupassen und das Beste für sich herauszuschlagen, wurde er kurzerhand zum neuen Flamekeeper und zudem Liebhaber des neuen Commander Ontari. Es hätte alles recht gut für ihn laufen können, wenn ihm Emori und Jaha keinen Strich durch die Rechnung gemacht hätten. Seine Freundin war in seiner Abwesenheit von Jaha und A.L.I.E. rekrutiert worden. Etwas, was ihm erst in den Moment klar wurde, als es bereits zu spät war. Jaha nutzte sein Wissen und überzeugte Ontari davon, dass John ein Betrüger war und er derjenige war, der ihr helfen konnte. Aber Murpy wäre nicht Murphy, wenn er sich seinem Schicksal einfach so ergab. Im Gefängnis überzeugte er seine Mitgefangenen davon, sich ihm anzuschließen und sich gegen den A.L.I.E. und ihre Anhänger aufzulehnen. Danach verließ er mit Emori, die sich von der Gehirnwäsche durch Jaha befreien konnte, die Stadt und ließ somit seine Verbündeten erneut im Stich.

Erst als er und Emori erfuhren, dass der Erde eine zweite nukleare Apokalypse drohte und es nur für diejenigen ein Entrinnen gab, die mit einem Transportschiff die Erde verließen. Alle übrigen waren zum Tode verurteilt. Es war also an der Zeit, ihre Strategie und Pläne zu ändern. Die erhöhte Strahlung macht ein Überleben in der Wildnis immer schwieriger und so sind sie gezwungen, erneut nach Arkadia zurückzukehren und sich der Gemeinschaft anzupassen. Um bei der späteren Evakuierung von der Erde einen Platz im Schiff zu erhalten, führten sie Abby und ihren Trupp kurz darauf zu der Insel. Dort gab es ein Labor, in dem die Ärztin hoffte, synthetisches Nightblood herzustellen und so die Menschen vor der Strahlung zu schützen. Zunächst lief auch alles nach Plan. Aber dann beging Emori in Panik einen folgenschweren Fehler. Durch ihre Lüge konnten ihr die anderen nicht mehr vertrauen und entschieden, dass sie als Testobjekt für das Nighblood dienen sollte. Eine Entscheidung, die mit großer Wahrscheinlichkeit zu ihrem Tod führte. Das konnte und wollte John nicht akzeptieren. Er flehte Clarke und Abby an, stattdessen ihn zu nehmen und sie zu verschonen, da er sie liebte. Erst im letzten Moment entschied sich Clarke gegen ihren Entschluss und spritzte sich selbst das Nightblood.
Erst im allerletzten Moment schafften sie es, das Transportschiff zu erreichen und gemeinsam mit der Spacekru, mit Ausnahme von Clarke, in eine ungewisse Zukunft zu fliegen. In den nächsten 6 Jahren isolierte sich Murphy immer stärker von der Gruppe und auch von Emori. Es frustrierte ihn, dass er sich nutzlos fühlte und keine wichtige Rolle in der Gruppe einzunehmen schien. Wird ihn die Rückkehr zur Erde aus diesem Tief holen, bevor seine Beziehung zu Emori unreparabel Schaden nimmt?